Analyse du méthylome tumoral : une technique d'avenir en cancérologie
Projet du Professeur BUREL-VANDENBOS
Laboratoire Central d’Anatomie Pathologique
CONTEXTE : Le Pr Fanny Burel-Vandenbos est la responsable du Laboratoire Central d’Anatomie Pathologique (LCAP) du CHU de Nice. L’anatomie pathologique est la spécialité qui réalise le diagnostic microscopique des cancers.
LE PROJET : Le diagnostic, l’évaluation du pronostic et le traitement des cancers s’appuient désormais sur la mise en évidence d’anomalies génétiques dans les cellules tumorales, comme des mutations de l’ADN ou des modifications quantitatives de gènes. Toutefois, malgré ces avancées, certaines tumeurs restent de diagnostic difficile, ou sont même inclassables, rendant très délicat le choix des traitements à mettre en oeuvre, avec des risques de sur- ou de sous-traiter les patients.
Le projet est de mettre en place une technique innovante hautement informative permettant de mieux diagnostiquer les tumeurs et de l’appliquer pour nos patients en pratique courante : il s’agit de l’étude du profil de méthylation de l’ADN tumoral ou méthylome. La méthylation de l’ADN est un mécanisme crucial qui contrôle l’expression de tous les gènes et qui est altéré au cours de la cancérisation. Cette technique permet d’analyser simultanément plus de 800 000 sites de méthylation d’un échantillon d’ADN tumoral et d’obtenir une « signature spécifique » d’une tumeur donnée.
Des résultats très prometteurs ont déjà commencé à révolutionner la prise en charge des patients atteints de tumeur cérébrale ou de sarcomes (tumeurs des os et des tissus mous), notamment dans les cas pédiatriques. En effet, l’analyse du méthylome permet de préciser ou de modifier le diagnostic de ces tumeurs, de préciser leur degré de malignité et d’induire un changement thérapeutique. Le méthylome est même le seul outil capable de diagnostiquer certains types de tumeurs.
OBJECTIFS : En tant que centre de recours et d’expertise, le CHU de Nice relèvera le défi en mettant en place une plateforme d’épigénétique pour l’étude du profil de méthylation de l’ADN tumoral, dont la première étape est l’acquisition de l’automate adapté à l’analyse de la méthylation.
Dès sa mise en place, elle sera appliquée aux deux grands groupes de tumeurs (cérébrales et sarcomes) grâce aux classifieurs d’IA déjà existants. Par conséquent, les enfants et les adultes atteints de ces tumeurs seront les premiers à en bénéficier. La technique sera déjà opérationnelle pour d’éventuelles applications à d’autres groupes de tumeurs au fil des avancées scientifiques.
Nous prévoyons également d’ouvrir cette plateforme aux équipes de recherche en cancérologie pour qu’elles puissent bénéficier de cette avancée technologique pourleurs travaux.
BÉNÉFICIAIRES : Les tumeurs cérébrales et sarcomes étant les cancers solides les plus fréquents de l’enfant, cette technique a déjà des applications immédiates en cancérologie pédiatrique. Des études concernant d’autres types de cancers sont en plein essor, laissant présager, dans un avenir proche, une modification profonde des pratiques et de grandes avancées pour la médecine de précision en cancérologie.
Cela concerne d’ores et déjà au minimum 200 patients par an au CHU de Nice.
INNOVATION : Cette technologie innovante est encore très peu développée en France car elle nécessite un appareil d’analyse spécifique dont très peu de centres sont équipés. Seuls 3 centres ont mis en place l’analyse de méthylation en 2021 (Paris, Marseille, Lille).
CALENDRIER PRÉVISIONNEL : Le démarrage du projet se fera dès l’acquisition du séquenceur. Après une phase de trois mois nécessaire à la mise au point, la technique sera utilisée en pratique diagnostique courante.
BUDGET RECHERCHÉ : 450 000 euros
Laboratoire Central d’Anatomie Pathologique
CONTEXTE : Le Pr Fanny Burel-Vandenbos est la responsable du Laboratoire Central d’Anatomie Pathologique (LCAP) du CHU de Nice. L’anatomie pathologique est la spécialité qui réalise le diagnostic microscopique des cancers.
LE PROJET : Le diagnostic, l’évaluation du pronostic et le traitement des cancers s’appuient désormais sur la mise en évidence d’anomalies génétiques dans les cellules tumorales, comme des mutations de l’ADN ou des modifications quantitatives de gènes. Toutefois, malgré ces avancées, certaines tumeurs restent de diagnostic difficile, ou sont même inclassables, rendant très délicat le choix des traitements à mettre en oeuvre, avec des risques de sur- ou de sous-traiter les patients.
Le projet est de mettre en place une technique innovante hautement informative permettant de mieux diagnostiquer les tumeurs et de l’appliquer pour nos patients en pratique courante : il s’agit de l’étude du profil de méthylation de l’ADN tumoral ou méthylome. La méthylation de l’ADN est un mécanisme crucial qui contrôle l’expression de tous les gènes et qui est altéré au cours de la cancérisation. Cette technique permet d’analyser simultanément plus de 800 000 sites de méthylation d’un échantillon d’ADN tumoral et d’obtenir une « signature spécifique » d’une tumeur donnée.
Des résultats très prometteurs ont déjà commencé à révolutionner la prise en charge des patients atteints de tumeur cérébrale ou de sarcomes (tumeurs des os et des tissus mous), notamment dans les cas pédiatriques. En effet, l’analyse du méthylome permet de préciser ou de modifier le diagnostic de ces tumeurs, de préciser leur degré de malignité et d’induire un changement thérapeutique. Le méthylome est même le seul outil capable de diagnostiquer certains types de tumeurs.
OBJECTIFS : En tant que centre de recours et d’expertise, le CHU de Nice relèvera le défi en mettant en place une plateforme d’épigénétique pour l’étude du profil de méthylation de l’ADN tumoral, dont la première étape est l’acquisition de l’automate adapté à l’analyse de la méthylation.
Dès sa mise en place, elle sera appliquée aux deux grands groupes de tumeurs (cérébrales et sarcomes) grâce aux classifieurs d’IA déjà existants. Par conséquent, les enfants et les adultes atteints de ces tumeurs seront les premiers à en bénéficier. La technique sera déjà opérationnelle pour d’éventuelles applications à d’autres groupes de tumeurs au fil des avancées scientifiques.
Nous prévoyons également d’ouvrir cette plateforme aux équipes de recherche en cancérologie pour qu’elles puissent bénéficier de cette avancée technologique pourleurs travaux.
BÉNÉFICIAIRES : Les tumeurs cérébrales et sarcomes étant les cancers solides les plus fréquents de l’enfant, cette technique a déjà des applications immédiates en cancérologie pédiatrique. Des études concernant d’autres types de cancers sont en plein essor, laissant présager, dans un avenir proche, une modification profonde des pratiques et de grandes avancées pour la médecine de précision en cancérologie.
Cela concerne d’ores et déjà au minimum 200 patients par an au CHU de Nice.
INNOVATION : Cette technologie innovante est encore très peu développée en France car elle nécessite un appareil d’analyse spécifique dont très peu de centres sont équipés. Seuls 3 centres ont mis en place l’analyse de méthylation en 2021 (Paris, Marseille, Lille).
CALENDRIER PRÉVISIONNEL : Le démarrage du projet se fera dès l’acquisition du séquenceur. Après une phase de trois mois nécessaire à la mise au point, la technique sera utilisée en pratique diagnostique courante.
BUDGET RECHERCHÉ : 450 000 euros